Após anos de pequenos conflitos a 4º grande guerra se inicia, as cinco grandes potencias shinobis se enfrentam, cada uma com seu próprio objetivo, a organização conhecida akatsuki estava desaparecendo, mas uma cartada final, fez com que tudo mudasse, cansados de verem seus cidadão serem mortos por shinobis uma nova força militar surge, os senhores feudais vendo que a guerra shinobi estava destruindo seus paises, decidem unir forças para eliminar, as vilas ocultas, anos de guerra e violência se alastram, mortes e prisões, até que os shinobis desaparecem de vez.
Alguns anos se passaram, e um pequeno grupo chamado à resistência decide andar pelos paises recrutando shinobis que desistiram da vida ninja para proteger suas famílias.
Assim esse grupo funda uma nova aldeia, a nova konoha, esperando assim, poder ressuscitar os verdadeiros objetivos shinobis, mas eles não estavam sós.